המועצה הארצית לתכנון ובנייה של מינהל התכנון פרסמה את החלטתה המפורטת לאשר את התוכנית להרחבת הבנייה במתחם בתי הזיקוק במפרץ שיזמה חברת בז"ן. בדומה לשתי הוועדות שאישרו את התוכנית לפניה – ועדת המשנה לעררים של המועצה הארצית ביולי 2016 והוועדה המחוזית לתכנון ובנייה בינואר 2014 – גם המועצה הארצית הגנה על החלטתה, שהתקבלה שלשום (שלישי), באמצעות הנימוק המרכזי שלפיו סך פליטות מזהמי האוויר שמקורם במתחם לא יגדל לאחר תוספת הבנייה, וכתבה בהחלטתה: "יובהר כי היתר בנייה למתקן חדש יוצא בתנאי שלא תהיה הגדלה של היקף הפליטות מהמתחם". יצוין כי ההחלטה התקבלה באכזבה מצד מתנגדי התוכנית, ובהם עיריית חיפה ששוקלת לעתור נגדה לבית המשפט.
עוד כתבה המועצה הארצית בהקשר זה כי "במסגרת תוספת המתקנים לא תתאפשר הגדלה של היקף הפליטות הקיים בהיתר הפליטה ואף יידרש צמצומן במידת האפשר, ובכפוף להנחיות המשרד להגנת הסביבה".
על החלטתה לצמצם את תוספת שטח הבנייה של מתקנים חדשים במתחם ביחס למצב הקיים מ-20 אחוז לחמישה אחוזים, כתבה המועצה הארצית: "לאחר שבז"ן הביעו את עמדתם כי ניתן להסתפק בתוספת מצומצמת יותר עבור המתקנים, המועצה השתכנעה כי יש מקום לצמצם את התוספת המוצעת לתכסית מתקני הייצור או הזיקוק לחמישה אחוזים בלבד מתכסית המתקנים הקיימים, שהינם תוספת של כ-43 דונם על כ-855 דונם קיימים. היקפים אלה מאפשרים לבז"ן המשך פעילות ועמידה בדרישות הגנת הסביבה".
לאחר הדיון במועצה הארצית אמר יו"ר המועצה אביגדור יצחקי: "המועצה עשתה את מירב המאמצים על מנת להפחית את הזיהום במפרץ מצד אחד, ומנגד היא הגבירה את הפיקוח על הזיהום במפרץ”.
תגובות